mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGGGCAATGCTAGNAAGT TTTTTAGCATTACCCATACAT GGNAAATACTTCCCTGTTTCATATTATANAACTTTTTAGCATTACCCATACATTCATATATNTATGTTAATANATCTAGATATATATGTATGCCTAGATTTATTAACATCTATATGAATGAATGTGGGCAATGCTAGNAAGTTTTATANCCTGAAATGGAGGTAGTAATAA CTAGGTTGGNAAATACTTCCCTGTTTCATATTATANAACTTTTTAGCATTACCCATACATTCATATATNTATGTTAATANATCTAGATATATATGTATGCCTAGATTTATTAACATCTATATGAATGAATGTGGGCAATGCTAGNAAGTTTTATANCCTGAAATGGAGGTAGTAATAATTATATTTTACTAAGGTAATTACTAATTAGTGATGCGTATATATTTATATCATTTTAGATGAACTGTACAAACACAAGAGGAGAGGACAAGGACTTGTACTTTTCCGTGTCTCCATATATACTTGATGTTAATAATAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-17 osa-MIR819j 7e-31 -59.4 ......((((.((((((((((...((((.(((((.((((((((.((((((((((((((((...(((((((((.((((((.((((....)))).)))))).))))))))).))))))))))..)))))).)))))))).))))).))))...)))))))).)).)))).... (-59.4)