mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGTGACCAGACATATCCCT GATATGTATGGGTTACTTGGT CGACAGTAAACTGGTCGATGTGATATGTATGGGTTACTTGGTGTCAGCGGATAACATGTTTTATTCGCCATTAAGCAATACACCAGTGACCAGACATATCCCTATCGCTTAGTTTAGATCCTC 4 2 3' arm Schistosoma_japonicum mirbase 100 sja-mir-190 1e-65 -42.02 ......((((((((.(((((.(((((((...(((((((.(((((..((((((((......))))))))...........))))))))))))..)))))))..))))).))))))))....... (-42.02)