mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACAACCTACTTGATTGAG CATAAAGAAGGTTGTTTGATG AGAAACTCCTCATAAAGAAGGTTGTTTGATGTAATATTCAATAATTAATAATAATTATTATTATTATTATTATCATTTCGATGAAATAATAATATAAAGAAGATGAATATAAAATAACTTACATCACAACCTACTTGATTGAGGGGCACTTCG 3 3 3' arm Schistosoma_japonicum mirbase 100 100 -42.1 .(((.(((((((..(((.(((((((..(((((((((((((.((((((....)))))).((((((((((.(((((.....))))))))))))))).........))))))).........))))))))))))).)))...)))))))...))). (-42.10)