mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTTTACAGTGGGTCTCTTT AGGTGATCTTTGTATGGACAA GATGTAACTTTTCTTTACAGTGGGTCTCTTTGTGTTCTTTTGCGATGGCATTTGATGCAAAGGTGATCTTTGTATGGACAAATTTTTATGG 2 2 5' arm Schistosoma_japonicum mirbase 100 sja-mir-3481 1e-46 -22.1 ...........(((.(((((.(((((((((((((((....(((....)))...)))))))))).)))))))))).)))............. (-22.10)