mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTCTATTGATGCTGAGATT TCTCTGTGTTGAATTTGA ATTGGGTCCGTGCTCTCTGTGTTGAATTTGAGGATCTTGCTCTTTCCATTGTGTATGCTCAGGTCTATTGATGCTGAGATTACTGCTACGT 4 3 3' arm Schistosoma_japonicum mirbase 100 sja-mir-3486 1e-46 -18.7 ....(((..(((.((((.((((..((((((((.((...((.(........).)))).)))))))...)..)))).)))).))).))).... (-18.70)