mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACCTAGTTGGTTGCGATATG TATCACAGCTTGCTCTAGGTTTAA TATAGGTCAGATGAAACCTAGTTGGTTGCGATATGTTGCCATTCAATACCATATCACAGCTTGCTCTAGGTTTAATCTCGACTTATTTTTCTCATC 3 2 5' arm Schmidtea_mediterranea mirbase 100 sme-mir-2e 1e-49 -32.3 .(((((((((((.((((((((..(((((.((((((.((........)).)))))).)))))....)))))))).)))).))))))).......... (-32.30)