mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGGTCCCTCATCTTATCACC TGAAAATATGAGCGACCTCAG GGAAAAAGTACATGTGAGGTCCCTCATCTTATCACCGAATTACAAAATTGTCCCTCAACCGAAAAACCAGATATATGATATCCCTTATCTTACAAAACCAGGTCAGTTTATGTCCTTTGGCGGTATTGACTCCGGTTTTATCCCATGCTGACTCAGCTATCACGTCGGATGAAACTGGAGTCAACCAGAATCAATATTGCCTAAGGACTTAAAGTGATCCGGTTTTATAAGTTGAGGGACGTTATATATCTGTTTTTTTCTTTGTTTGGGGATGATTTTGTGATTCGGTGAAAATATGAGCGACCTCAGATGCATTTTTTC GGAAAAAGTACATGTGAGGTCCCTCATCTTATCACCGAATTACAAAATTGTCCCTCAACCGAAAAACCAGATATATGATATCCCTTATCTTACAAAACCAGGTCAGTTTATGTCCTTTGGCGGTATTGACTCCGGTTTTATCCCATGCTGACTCAGCTATCACGTCGGATGAAACTGGAGTCAACCAGAATCAATATTGCCTAAGGACTTAAAGTGATCCGGTTTTATAAGTTGAGGGACGTTATATATCTGTTTTTTTCTTTGTTTGGGGATGATTTTGTGATTCGGTGAAAATATGAGCGACCTCAGATGCATTTTTTCCACAAAAAAAATCGCTTCATGATAGACAAAAAAATATATGGGCCAGATAACCAATGCAAGCAAAAAGCAGGAGTCCAACAGCACTTTAAAAGAGTCCATGAGGAATTTGGAAATAACAAACTCCTGTTGGCCTATTCTGGTATGTTGTCATATTTTTCCAATACCTGTTAATACTTAGTAATTTTATGAACGTTTGGACCCAGACAGCTTGAACCTTACTGCTTTCAAGATTCTGTACATCAGTTTGTAATTATGTGAACGTATGGACTTCGACACAAAAAACAACTCATGCATGTAATAATTCCCTTGATATGCAAAACTCCAAGCTTAATTTTTCAGTGTTTTAGATGCAAGGTTTCTTTTGATCATTTCCTTATGTGGTCTATATGTGCAGGGATGGTGTGAGCGAGTCTCAATTTAGCCAAGTACTGAATGTTGAGCTTAATCAAATTATAAAGGCATATCAATATATGGATCAGGGGCCAATTCCTAAGTTCACAGTGATCATTGCTCAAAAGAATCACCACACAAAACTTTTCCA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -149.6 .((((((((.(((.(((((((.(((((.((.((((((((((((((((((((((((.(((.((((((.((((((((((((.(((((((.((((.((((((.(((((.((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((.(((........)))))).)))))))))))))))))..........)))))))).)))))).)))).))))).)))))).)))).))))))).))))))))))))..))))))...))).)))))))))))))))))))))))).)).))))).))))))).))).)))))))) (-149.6)