mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGACTATAGAGATTTTTGCTAT TGCAAAAATATTTATATTTAACTCA CATACTAAGTCTATTTGTATTGCAAAAATATTTATATTTAACTCATTTCTCTAAATGAGACTATAGAGATTTTTGCTATGCATTAGGCTGGAGCCGTCA 4 3 3' arm Schmidtea_mediterranea mirbase 100 100 -27.1 ....((.((((((..(((((.((((((((.((((((.....(((((((....)))))))..)))))).)))))))).))))).))))))..))...... (-27.10)