mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTCTCGTAACTGCCCTGAAG TCGGGTCAGCTACGACATGAGCG GATCGTGATGCCTACAACCTTCGGGTCAGCTACGACATGAGCGCTCCTCGTTTGTCTCGTAACTGCCCTGAAGGTAGTCCTGGCGTCTTTAC 5 0 3' arm Nematostella_vectensis mirbase 100 nve-mir-2040a-1 3e-47 -41.4 ......((((((.((.(((((((((.(((.(((((.(..((((.....))))..).))))).))).))))))))).))...))))))..... (-41.40)