mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAACCGGGCACGCAGGAG ACTCCGTGTCCGGCTCCAAG CGGCGGCGTTGGACTGCTGGGGTGCAGCAGGCTTGGAACCGGGCACGCAGGAGGTGGGTTTTGTGGCGGCAGGNAGCAGGCAGCGCGGGGCTGCTGGTGGTGGTGGAGGAGGATGAAGTTCGCCATTCAAACAACCCTTTCTGCACCGGTCCTGTGCTGCCCGTTGCCTGCAGGAGCAAAACACACCCACTCCGTGTCCGGCTCCAAGATTGCTGAACCCCTGTCGCTGGCTGCTGCCG 4 0 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 cre-MIR1144a 1e-132 -139.5 (((((((((..(.(.((.(((((.((((((.((((((.(((((((((.((..((((.(((((((....(((((.(((.((((((((((((((...(((.(..(.(((((.(..((((........))))..)...))))))..)))))))))))))))))).))).)))))....))))))).))))..)).))))))))).)))))).)))))).))))).)).))..)).))))))) (-139.50)