mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTAGTGTGGCGGCAGGCAG GCCCGCAGCACAATCACCAACC GTGCAGCAGGCTTGGTACCGGGCACGCCGGAGGTGGGTAGTGTGGCGGCAGGCAGCAGGCCTCGCGGGGCTGCTGGTGGTGGTGGAGCAGGACGACCGGCGCCCGTCCTCCTCCTCCTCCAACAGCGGCCCCGCGCTGCCAGCTGCCCGCAGCACAATCACCAACCCCCAGCGTACCCGGCTAAACACCGTGGGCCCACAGCAC 5 2 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 cre-MIR1144a 2e-28 -123.5 ((((.(..((((((((.(((((.((((.((.(((.(((..((((.(.((.((((((.(((..(((((((((((((.(((.((.((((.((((((.........)))))).)))).)).))).)))))))))))))..))).)))))).)).)))))...))).))).)).)))).)))))......))))..))))..).)))) (-123.50)