mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGACCCTCGCATGTCCGTGA ACCGACATGCGAGGGTCCACC TCTGATCTGCCTGAAGCTCCAGTTGAAACCTGGCAAGGTCGTGTGCCCTCTCCACCGACATGCGAGGGTCCACCGCCGTGTGGCACAGGCTACCATGGTAGCCAGTCTGCGCACCTGCAGCCAGCAGCTGAATTCATCAGCTGTCGGCTGCAGGTGCGCAGACTGGCTACCTTCGAAGCCTGGGCCTCACGGCGGTGGACCCTCGCATGTCCGTGAAGGGGGCTCATGACCCTACCCAGTTTCAGCTGGAGCTTCAGGCACATCAGA 2 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 cre-MIR1156 3e-151 -235.4 ((((((.((((((((((((((((((((((.(((...(((((((.(((((((.(((.((((((((((((((((((((((((.(((.((((((.(...((((((((((((((((((((((((((.((((((((.....)))))))).))))))))))))))))))))))))))...).)))))).))).)))))))))))))))))))))))).))).))))))).)))))))....))))))))))))))))))))))))).)))))) (-235.40)