mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAGCGCCATGGCACGCAGC TGCGTGCCATGGCGCCCTTCA ATTGACAACGCGCCCGAGCGCCGGCGCACCGGCAAGAACAAGGACAAGTATGAGATGCTGCCGTACCCCGGCAACACGCTCATGGATGAGGCTGACCTGAAGGGCATGCTGCGTGCCATGGCGCCCTTCATCGTGCGCGCATAGGGTCTTAACTGCCAGGTTGAAGTCGCACACGCGGAAGACCTTGCTGCCATCAGGCGCGATGTCGTACAGCAGGTTGGCGGGCTTCAGGTCAAAGTGCATGTAGCCGCGAGCGTTCAGGTGCTTTGATGAAGAGCGCCATGGCACGCAGCATGCCCTTCAGGTCGGCCTCATCCATAAGCGTGTTGCCGGGGTACGGCAGCATCTCAAACTTGTCCTTGTTCTTGCCGGTGCGCCGGCGCTCGGGCGCGTTGTCAAT 1 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 cre-MIR1163 0 -337.5 (((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((((..(..((...(((((((.(((...((((....))))..(((.((((.(((....))))))).)))......))).))))))).....))..)...)))).((.((((....).))))).))))..)))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-337.50)