mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTCCATGACCTCATGGG CATGAGGTCATGGACCTCG GCAACCACGCCGCGCCCTGCCGGTCCCCCACAGTGTATGACTCCTTTTACCGCTACGAGGATGGACTAGACAACCCACGCACCGCCTGGTGCCGCCGACTCTGCGCCGGGCCCATGAGGTCATGGACCTCGCGGCCCTGGAGGCCCTGGTAGCCGCCGCGCCATGCCAGGCCGTCAGCGCGCCGGACGCGCCGACAGCCTGGAATGGCGCGCCATTCCAGGGCCGCCTCTAGGGCCGCGAGGTCCATGACCTCATGGGCCCGGCGCAGAGCCGGCTGGACCAGCCGGGGCGTGGGGTCATCGAGGCCACCGGCATAGCGGTAGAATGATTCGTATAACCTAGGGCGCCGGCAGGGCGCGGCGGTGTAGTTGC 0 0 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 cre-MIR1166 0 -294.9 ((((((((((((((((((((((((.(((.....(((((((.((.(((((((((((.(.((.(((.((.((...(((((((.(((.(((((.(.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....((.(((((((.((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))).)))))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))).).))))).))).)))))))....)).)).)))))..).))))))))))).)).))))))).....))).)))))))))))))))).)))..))))) (-294.90)