mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGG ACGCCCCCGTCCCTCCGCT GGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGGAGTGGGAGTGGGTGCAAGGGCGTGGGTGGGTGGGTGCGGCGGGCGCGCTTGTCGTGACACCTTGACTCATCACCCCGCCTCCAACGCCTCCAACGCCTCGCTACTCCCCCTGCAACCCCCTTCCCCACGCCCCCGTCCCTCCGCTCCC 1 4 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 100 -97.4 ((((((((((.(((.(((.(.((.((((.(.((((.(((((.((((((((.((...((((((.((.(((((...(.((((((.(.(...((((........))))....).))))))).)...))))))).)))))))))))))))).))....))).))))))))).))))))))))))))))))) (-97.40)