mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGGTTGCAATAGAAATCATG TGATTTCCATTGTAACCATAC GTTTGGCCTGGTGTTTAATTTGCTTCCACACATTTGCAATGCCAGCAAATTGCGCATGCCAATGCATTTATAGGTTATTGCATACGCCCTGGATTGGCAGCGTGAGTGAAAGTGTGCTGGGCTGCGTGCTACTGTAGATGAGTGGGTACTTGCGAAATGTATTGGCGGCCATTGTATGGTTGCAATAGAAATCATGCAGGGGATACTGTGAATTATATACCATGTACCATGTGCAATGTTTCAGATGTCCCTGCACTAGCAGGCATTCAGACATCCCAGCATCCCAGCGCTGGCAGGCATGCCTGAAACATTGCACATGGTACATAATTCACAGTATCCCCTTCATGATTTCCATTGTAACCATACAATGGCAGCCAATACATTTCTCAAGTACCCACTCATCTGTACAGCAGCACGCACCTTCACTCATGCTGCCAATCCAGGGCGTATGCTATAACCTATAAATGCTTTGGCATGCACAATTTGCTGGCATTACAACTGTGTGGATGCAGATTAACTTGTAACCACAAAC 1 0 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirbase 100 100 -366.01 (((((...((((..(((((((((.((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.........(((.((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((.......((((((((((((((((((((.(((((((((((....)))))......))))))...((((.((.((....)).)).))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).))))))))).))))))))))))))).))).)))))))).)))))))))......))))))))) (-366.01)