mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTTCCTCCGTTTCATATTA TGCCGAGGCGCGGGGGGTGCT GTGACATCCACAATGCCTCTTCCATTGAGATTTAATTTGTTTGTCGCAGTAGCGTAAGTAGTACTTCCTCCGTTTCATATTATAAGAATTTTTAGCATTGCCAATATTATATATATATATGTTAATGAATATATATATATATATATATGNNTAATGAATATATATATANTATATATATATGNGNGCNCGCNTATNTNTANNTANTGGCCCGGCGCAAGTNTCTCATATGCCGAGGCGCGGGGGGTGCTCCTCCCGCGCCCGCGGCGAACAAATTATATCACTCTGGGAGGGGGCCTTG TTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGCAACCAACAGCTTCACTTATATATATTTCAAGTGTCTTTTTTGCCTTTCAACCGTGCCATATAAACACTTAATCATCATCATTCAATTCAAACACACATATGCAACCAACAGCTTCACTTATATATATAAATAAATAGAGAGATTACGAATTCAAGAATCAAGCTGCACCTAAACACATTAGGGAACTCTACCGCTAATCCAGAATATGCTAATCTATCCTGCTTAACGACGATGTCGTAATGTGGTTACAAGGGCCATCATGCCATGCGAAGTGACATCCACAATGCCTCTTCCATTGAGATTTAATTTGTTTGTCGCAGTAGCGTAAGTAGTACTTCCTCCGTTTCATATTATAAGAATTTTTAGCATTGCCAATATTATATATATATATGTTAATGAATATATATATATATATATATGNNTAATGAATATATATATANTATATATATATGNGNGCNCGCNTATNTNTANNTANTGGCCCGGCGCAAGTNTCTCATATGCCGAGGCGCGGGGGGTGCTCCTCCCGCGCCCGCGGCGAACAAATTATATCACTCTGGGAGGGGGCCTTG 5 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000000000005 osa-MIR819i 0.00000000002 -88.4 (((.....)))...(((((((((...(((((.(((((((((((((((....(((..((.((((((((((.((((((....(((.(((..(((..((...((((.((...((.............(((.(((((((..(((((((((((.........))))))))))).))))))).))).................))..)).))))...))..)))..))).)))....)))))).)))))))))).))..)))....))))))))))))))).)))..))..))))))))).... (-88.4)