mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCCAAGGTCACCCCAG GGGGCGACCTGGGAACACGTC AGCAGAGGAGGTTTCCACCGGGGCGACCTGGGAACACGTCTACATTAATGTAATCTCTTGATTTCTCCATGAGTCCTGTGAATGTGAATGTGTTCCAAGGTCACCCCAGTCGAGCCTACTCTCT 3 0 3' arm Pinus_taeda mirbase 100 100 -52.96 ((.((((.(((((.(.((.((((.(((((.(((((((((.((((((........(((.((.......)).))).......)))))).))))))))).))))).)))).)).)))))).)))))) (-52.96)