mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCTCCCTACTCCTCCCATT TGGAAGGATAGGGTAAGACT GAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAAGGTTAAGGAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCCTCCCTACTCCTCCCATTCCTT 4 2 3' arm Pinus_taeda mirbase 100 pta-MIR482a 7e-45 -32.66 ((((.((((.(((((((((...((((..((....((((((...............))))))...))))))..))))).)))).)))).)))) (-32.66)