mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCCTTCTCCTATCCACAA GTGGATAGAGAAGGGTTAGT CAGAGTGTATGGATGTGGATAGAGAAGGGTTAGTAAACGGTAGAAAACCCATTTATTGTATGTCATTGGCTGTTCGAGATTAAGCAGCTGTAATTCGATGGCCATACTCATTAAATGGGTTGGCTGTTTGCTCTGTACCAGCCCTTCTCCTATCCACAATTGTACTAGTTTG 2 1 3' arm Pinus_taeda mirbase 100 pta-MIR946b 6e-19 -74.12 ((((.((((..(.((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((..(((((((((((((((((........)))))).......)))))).)))))....)))))))))).)))))))))).......))))))))).))))))))).)..))).).)))) (-74.12)