mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCGGAATCTGTTACTGTTTC CGCAGCAGCAGATTCTGATAGA ACGCCTAAGGCGCAGCAGCAGATTCTGATAGAAGACTCAGGCAAAGCATTTGTTGTTGGCAGGTTGAATGCTTTCGGCAGAACCACCAATAACAAGGGGGGCGCCTGGTGTCTTGCATCGGAATCTGTTACTGTTTCCTAGGCGT 3 0 3' arm Pinus_taeda mirbase 100 pab-MIR947 3e-17 -72.6 (((((((.((.((((.(((((((((((((..(((((((((((...((.(((((((((((..((((...(((.....))).)))).)))))))))))....)))))))).)))))..))))))))))))).)))).)).))))))) (-72.60)