mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATGGCCCTTTTGAAGGACA TCGTTTGAGTGGGGTTTCATTTTA TCCAGTTGGACAGAGCTACAGTTGGATCAGATTTGATGGCCCTTTTGAAGGACAAAAAGCCTCCACTTCCGTATGTTTATCACCCACCCCAGCGTCCATCGATTATGTGATTTGGTCAGCTTCCTCTACGGGCTTTCGTTCAGAGCAAATTCAAGATGAAGAGAACTCCTGTGAAACCGGGATTCATGTACATTGATGAACTCCTGTGAAACCTGGGTTTATCATGATAGCATGAAAACTTAGGGAGGATTGAACTATGCAGTGTCGTTTGAGTGGGGTTTCATTTTATCTTGTATAAAAAAAGAAATGCCTTCTGGAGC 4 3 5' arm Pinus_taeda mirbase 100 100 -84.8 (((((..((.((...((....(((.((.((((..(((((((((((..((.((((..(((......)))..(((((((((....((....(((.((.((((((((((((((.........((((.(((....(((((.....))))).......))).)))).....(((((......))))).))))))).))))))).))..))).....(((((((((.(((((....))))))))))))))..))..))))).))))..)))).))..)).)))))..))))..)))).)).)))....))...))))..))))).. (-84.80)