mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCACTGAAATTATTGTTCG AACAATAATTTCAGTGGAAGA ATGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATGGATGTATACTGCCGTGGTATGGTATCCTACAGTGTATCCCCAGTCTAACCTAGTTGCAGGGTTGCAACACATGGCATGGTGGGGGATCTACTGGGCAATAACCAAGTTGCATGGGTGTATTTATCCAACAATAATTTCAGTGGAAGACTTCCATCGAT 3 0 5' arm Pinus_taeda mirbase 100 100 -78.1 ((((...(((.(((((((((((((((((..(((((.(((((((((((..(((.(((....((((..((........))..(((((.((((((..((...((..(((((......)))))....))...))..)))))).)))))))))))).)))))))))..))))))))))....))))))))))))))))).)))...)))).... (-78.10)