mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGACGTGTGGCCCGTAGC AATTTGTGAAGCTGAATGAAACGTTTTCGTGGGGAATGACGTGTGGCCCGTAGCCATGTATCTTGGCATGCCAGAATTATGCTCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCGGCAACGTTGCATGATGGTAATTATGT 4 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase mir-166 5e-41 ppt-MIR166j 0.0000000000001 -52 ..........(((..(((.((((((.(((.(((((((((.((.(((.(((.(((.(((..(((.((....)))))..)))))).))).))).)).))))))))).))).)))))).)))...)))........ (-52.00)