mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCATCATTCCTT GGAATGTGGCATGGCTCGATG GCCGAGAACAGAGATTGTGTAGCTCAGCTGTAAGGAATGTGGCATGGCTCGATGCTGTTTGAGCATGTCAAGTTCAGCCTCGGACCAGGCATCATTCCTTTCATCTCAGTTACACATTTGACATCCAGGA 5 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase mir-166 4e-38 100 -48.8 .((..((.....((.(((((((((.((.((.((((((((..((.(((..(((.(((((((((.....)))))..)))).)))..))).))..)))))))).)).)).))))))))).))....))..)). (-48.80)