mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGCGCCAATATCACA TGTTATTGGGCCCGCTCAATC AGGCATGTGTTATTGGGCCCGCTCAATCAGATGTCTTTTCCAGCAACGGCTGGTATTGTCCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATCACATCCTT 2 2 3' arm Physcomitrella_patens mirbase MIR171_1 5e-46 ppt-MIR171a 0.00000000007 -40.3 (((.(((((.((((((((..((((((((.((.(.(....(((((....)))))....).).)).)))))))).)).)))))).)))))))). (-40.30)