mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAATAAAACGAATGGTCAA GAACGTTAATCTTATTCAAAA TACTCCCTCCTTCCTTAAATATTTGACGCCGTTAACTTTTTTAAATATGTTTGAACGTTAATCTTATTCAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTCATTGTTAAATATACTACTACTACTCAAGTTTTTGAATAATATTCACAAAATTTTTGAATAAAACGAATGGTCAAACATGTTTAAAAAAGTCAACGGCATCAAATATTTAGGGACGGAGCGAAT ACTGCCTGCCCAGCGATTCTTCCCACGATTTCCTTTCCTGCTTTTCTCATCCCTTTTGTTTCTTCACTCCGGCTCACCGCGCGAACCAATCTTCTGCCTTCACACAACCAATTCATCAAGCAGGTCTGTTTTCCCATTCCCTTCTTTTCTTGGACCAGCCAAATTTCCTTTTTTATTTTTGTGTGTATCAAGGATGGCGGCAGTTCATTGGGGATCCTAGTCAAATCTTGTACTAGTCCGGCCTGTAACGCCAAAGCTTAGATCTGAATCGGATATCTCTCTTCAATCCTGTGTTTGTATTGTTTGTTTGGGCGTAAAGTCGTTACTTTTTTTTTCTTCTGTTGGTTGGTTGGTTGTATCAGATCGAGATGGAGTGCGAGAGCAACTACAGCAAGGAGCAGAGGCTCAACGGCGACAGCCTCGTCTTCGGTATGCTACCCATTGCTTAACCAGTACTCCCTCCTTCCTTAAATATTTGACGCCGTTAACTTTTTTAAATATGTTTGAACGTTAATCTTATTCAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTCATTGTTAAATATACTACTACTACTCAAGTTTTTGAATAATATTCACAAAATTTTTGAATAAAACGAATGGTCAAACATGTTTAAAAAAGTCAACGGCATCAAATATTTAGGGACGGAGCGAATGATTCAATAATAATTCTTGCCATCACTGGTGCTGTCTCCAATTGCATTTCAGAAAAAAAAAAGGAATTTCATTTAAAGTGAAACTGCAAGATTTTCATACCTTGTTCATTTTCCTTTTTAGACCTTGATGACACGCTGTATCCGGTGACCTCCGGCATTGGAGCCGAAGTCGTAAGGAACATCCAAGGTACACAAACAGTCCAACCACAACGTATTAACATTTCTTGGAACAAAAATGTTGATGAAGAATGGGGGGGTTTGTTTGGAAAGTTTCAACCTTAAATAGAATCAAAAAAGCTTGGGGGGGGGAAAAAAAAACAATTCATTTTTTGGAGAACTTTTTCCGCCCCTCCCCTCTAAACAAACCACAAAAGGGAAAAAATCACCCAGGGGGGCCCGGGTTTTTTGGGGGGGGGTTTCTTGGGTTAGTGGTTTTTTTAAACCCCCTTTTTTTTCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAAAAGATTTTTGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGTGGGGGCTTCTTGTGTTTGTGTT 5 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 2e-97 osa-MIR806h 4e-36 -73 ...((.((((.(((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.((((....(((((((((((.(((.((((((..(((((.........(((....))).....)))))..))..))))(((.....)))...(((((...))))).))).)))))))))))....)))).)))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))).)))).)).. (-73)