mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGCGTTTGGGGGAAGG TTCTTTTGCTTCATATTCTAGTCGTTGGTTTATGGTGCCTAAGAAAAATGGATCGTTATGTTTT AATTTTGAAACCTTCTTTTGCTTCATATTCTAGTCGTTGGTTTATGGTGCCTAAGAAAAATGGATCGTTATGTTTTATTCAAGATATACAGCCAATGAATGTAGTAACTATAAGAAATGCAGGTATAGGATCTTTAATAGATGAGTTTGCTGAAGCGTTTGGGGGAAGGGCAATTTAT 1 97 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 100 -37.1 ....(((...((((((((((((((...((((..(((((((((.(((((.((..........)))))))((((((((....)))))))).))))))))).(((((...)))))))))..(((..(.....((((.....))))..)..))).))))))....)))))))).)))..... (-37.10)