mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT CCAGCGTGAGGCAATGCATG GTGGAAGAGAGAGAGTGGTGGAAGGGAGGGAAGCCAGCGTGAGGCAATGCATGACAACAGCATGCCCAGGAGGTCCTGAGGGTGTTGTCCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTCCCTACATAGCTCGCCATTCTTGTGCTCT 3 1 3' arm Physcomitrella_patens mirbase MIR408 0.000002 ahy-MIR408 0.0000005 -82 .....((((.(((((((((((....((((((((((((.(.((((((.(((((((..(((((((.(.((((....)))).).)))))))..))))))).))))))..).))))))))))).)....).))))))))))...)))) (-82.00)