mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCGGATCCGGATCCGGATGCA CATCCGAATCCAGATCCGGAT GAAACTTACATCCGGATCCGGATCCGGATGCACCTACATCCGAATCCAGATCCGGATTATGCCGA CCACGCGTCCGGGAAATATTAAATTATTGAATTTTAATGTTTTGCAAATCCGGATATCCGGAATATCCACCCGCATCCGGTGCGGATATTAACTCCCATCCGGATTTGCATCTTTTTTTACAGAGCCGGATGCGGATCCAGATTTAGAAACTTACATCCGGATCCGGATCCGGATGCACCTACATCCGAATCCAGATCCGGATTATGCCGACCCTAATTATGTCTTTCCTCCTATTTGTGGCAGTGATGCATCGACTCATATTGACAGAATCTGTACTCTTTGGTTTGACTTATATTCAGAATATGTGTATATATAAAGAGGATGGCCGGATCGACATTATGGCTGAAGGATTTGATGACTCTAGCGCCACTTGAAATTATAGTGCTAGATAAGTTGTGATGGGCGTGTGTGATGTGCAAAAGTTTAATGCATTCAAAAGTCAGCATATTTGTGAACGATCAGACACAGTAGCAAGATACTTACATGGGAGAGGAGCACTAGACTACGTCAGACTTTGATATCTTACTGCTGGCGGANGTGATTACGAAGACAATGCATATTTGAATGAGACTGCTAGAGATTTGCTGGGTTGTACGGTCTCTACCGTTGCTTTCAAGTTTGCTTTTAAGGCGGGATGGGGTTTTTAACCCCAGTCCTCAGATGCTCATCCAGGGATTTTAAGCCCTTATGGGACTCCAAGTCGAAATGGGCT 4 0 5' arm Citrus_sinensis mirnest 100 100 -27.7 .........(((((((((.((((.((((((......)))))).)))).)))))))))........ (-27.7)