mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAAGAGAGAGAGCACAGCCC GCTGTTCTCTCTCTCTTCTAG CTCCCCTTTTCTACATTCAAGCCGGGTTTCGAAGAGAGAGAGCACAGCCCTGGACTTTTCTCATGTGACCGATTTTAGCGGTACATGGTGCACTGTCATCGGGCTGTTCTCTCTCTCTTCTAGACCCTACTTGGATGTGTTTCTACTGC 2 0 5' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR529g 0.000000000002 -71.7 ...........((((((((((..((((((.((((((((((((.(((((((..(((.....(((((((.(((.......))))))))))......)))...))))))).)))))))))))).))))))..)))))))))).......... (-71.70)