mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGATTCGTTGTATTAGGAAA CCCTAGTATAACGAAATTTAGG AACCAAACCTGGGTATTGGGAGGGTGATNATTCCCTAGTATAACGAAATTTAGGCAACCTTCTGTTCAGATTCGTTGTATTAGGAAATATCNCCTCCAATAGTAGGTTGATTTTTT AAACCAAACCTGGGTATTGGGAGGGTGATNATTCCCTAGTATAACGAAATTTAGGCAACCTTCTGTTCAGATTCGTTGTATTAGGAAATATCNCCTCCAATAGTAGGTTGATTTTTTGTGGGACGAAGGGAGTAATTNAGAAGCATTCAATCCCTTTTCAGACCTCACTTGATGATTCAGGAATCGTGCTTTGCATGACCTCTATGAACATTTTCATTTTTANTGCGTTAAATTGCAAGTAGTGAGATGCTTTGCTGTGTTGTTTCGTTTCCAATAAACTGTAGTTCTTTTCCTTCATTTTTTTTTGTCAATGTTGATGGTTTTCCTGAGTGAACAAGGATATAGATCGTTGTGATTTACGGATTTTGTCAGATCGGTGCCGACACCTTGGACACTGACTACTTCAAGGTTACAGCCAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 6e-34 100 -37.1 .....((((((..((((((.(((..(((..((.((((((((((((((.(((.((((......)))).))))))))))))))))).)).))).))))))))).))))))........ (-37.1)