mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAAC AGCCGCAGTTTGGCACGAAGC AGGGTGCATTCCAAGTGCCGTCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCACGAAGCCCTTTCTCCTGCCGCTACTGTTTTGTTAGTCAGGTTTGCAGCGTGTCTCGATATAGTGGTGTGCTTCCGTTGCTATCCTTTCCCTCCAGGTAGGAATTCTGTGGCAAACTAGTGGTTGGTTCGCTTATCAAGTTGCAGTCCTTCATACCTTGATTTTGAATTACTGCAGTCACACCCTTCTTGTCGGCAGTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTCCTACCGACTGCACTGACTGCAGAAAGTCGAAGCAATGGAGGTGTCGTTGCATTTTCCTCATAGTTTTGCTAGCTTCTACTTCTGGGTTGATGTTGAACCCACTCCACCCACTTGTAGCGGAAAGATGTTAGAATTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGGTTTGTTACTTCAAATCCAC 2 1 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR536b 3e-17 -151.63 .((((((((.....))))..((((((((..(((((((((((((((((((..((..(((..(((((((((((.(((..((.((.((.....)).)).))))).))))))))).)).((((((((..((((..((.....)).)))).....((((.......((((..((((((..(((((.((((((((..((((...........))))..))))))).)..((((.........((((((............(((((((.....))).)))).))))))...((((.(((((...((((((((....))))))))....(((.....)))))))).))))..))))))))).))))))....))))))))..))))))))..)).)..))..))))))))))))))))).))..)))))))).............)))).. (-151.63)