mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTGCCAAGCTGTGTGCA CCATAGTTTGGTATGAAGC TTCGACGTCGTGTTAAGTGTGATTCCTTAGCAGCCATAGTTTGGTATGAAGCTCTCTCTGAACATCAGATATCGGTCGGTAGAGTTGAGGTTTGTTCACATGACCTTAGCTCTGTTTTCCGAGCGCTTCGTGCCAAGCTGTGTGCATCTAAGGGAATCTCACTTCTGAACAGAAAG 1 1 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR536e 0.0005 -78.8 .......((.(((((((((.((((((((((..((((((((((((((((((((....((((.....))))..((((..(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))..))))..)))))))))))))))))).))..)))).)))))).)))))...))))))... (-78.80)