mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGGTGTTTCTACAGGCTA GACTGTAGAAACACCTGAAGC TTGAACAATGTCATTATCATACATAGACTGTAGAAACACCTGAAGCTATTGATCTCTACTTTGTTGTAACCGATCTTTATGGAAAGTGCACGAAAATGTGTATGCTGTGATCGCACGATTGGTGACATCAGTAACTTGAGGTGTTTCTACAGGCTACTTATGCTTGATGATTATCTTA 2 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR537a 0.0000001 -64.4 .........(((((((.((((..(((.((((((((((((((.(((.(((((((.((.(((..(((((...(((((...((((...((((((......)))))).))))))))).))))).))))).))))))).))).)))))))))))))).)))..))))..)))))))....... (-64.40)