mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCAGGTACAAGAACACAGC TGTGTTCTTGTACCTGGGAAG GAGTAAGATAGAGCAAAACGCAGCCAAAGAAGAGTCGTCCAGTAGCCGACGTAGATGGCATGCAACTCCAACTTCGCAATGATACCCGCTCTAAGATCGCGGTCTTCCCAGGTACAAGAACACAGCTCACCAGTAGTCGACCGCTGGTGAGCTGTGTTCTTGTACCTGGGAAGACCACCAGCGAAGAGAATAGAATAGAATTGGCGAGTTGGAATCCGAA 0 0 5' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR900 3e-123 -106.2 ...................(((((((.......((((.(.....).)))).....)))).)))...(((((((.((((((..((..(.((((....(((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(....)..)))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))))....)..))..))).))))))))))....... (-106.20)