mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTACTTCGGCGGGACAAGAGC CCCCCATGCCGCCGAGGTGGCCG GAACGGCTTCGGCTGGTCTGCCGCTCAACGCGGGGCACTGGTCAGCGTGGGCTACTTCGGCGGGACAAGAGCAGGATGTAGTTTCCTGCCCCCCATGCCGCCGAGGTGGCCGAGGAACGAAGCGTGCGGCCCCCTCTCGGGGGGGTCGTGGGACTCGTCCCAACTGCACGCTCGGGACGCTGGCGTATTGAGCTCTTCATCCGACCCGTCTT 5 1 5' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 100 -110.1 ..((((..((((.(((...((.((((......))))....((((((((.((((((((((((((.(...(.((((((.......)))))).)....).))))))))))))))......(((.((((((((((((((....)))))))).(((((....)))))...)))))))))..)))))))).......))...))).)))).))))... (-110.10)