mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGGAATCGGAAAGAGTGTAC CCACTCTCTCCGTTTCCCTTC GCGCAGTTACACAGCTTGCATTTCGGTGTCCACTCTCTCCGTTTCCCTTCCCATGATGGCTAGCCTTGAGTAAGTACATATGTTTTGAACACATGTATGCTTGCTTAAAATCCTTTGTCGGAGGGAATCGGAAAGAGTGTACAATGAATTGCAAGCTTGATTGATTCG 3 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase MIR1023 5e-91 ppt-MIR1023c 2e-92 -69.4 ...((((((...((((((((.((((.(((.((((((.((((.((((((.((.(..(.((......(((((((((((.((((((.......)))))).)))))))))))...)).)..).)))))))).)))).)))))).))).)))).))))))))))))))..... (-69.40)