mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGCATTGTGGACCTAAGACC TCTTAGATCTACAATGCCACC CAAACAAGCAAATCCATTCTTGGACTAGTTCTTAGATCTACAATGCCACCTACAACAGCAATACTTAAGGTTATGAGAAGATATCTATCATGCTCTCTGGAGTGTGGTCCTCTTCTTACAATCTTAAATTTTAAATTTCTTGAAAGGCGGCATTGTGGACCTAAGACCTTGGTCAAGTGTGGAATAAGGCTAAA 3 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR1028b 9e-108 -70.2 ......(((...(((((.((((..(.((.((((((.(((((((((((.(((.............((((((((.((((((((.....(((((((((....)))))))))..)))))))).))))))))..(((((.....)))))))).))))))))))).)))))).)).)..)))).))))).....)))... (-70.20)