mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTAGATCTACAATGCCTCT TGGCATTGTAGGTTTAAGAGC CGAAGACATGGAAGATTTCATCCGCGACCTTGCTCTTAGATCTACAATGCCTCTTGCGAAACTGACAGCGGAATACCGGACTTTTATTTGATCATGATGGAATCCACATGTGCCTCATACTTCAGGAATCCATGCGGTCCACCATGTGGCATTGTAGGTTTAAGAGCTGTGCCGCGGGTGGATTGATGATCACCTGT 3 0 5' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR1028c 1e-109 -71.8 ....(((((.((....((((((((((.(...((((((((((((((((((((.................(((....)))..............((((.((((..((.((((..(((........)))....)))).)))))).)))).))))))))))))))))))))...).)))))))))))).))).))...... (-71.80)