mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCTCTCAACCAACCATAC ATTTTTGGTTTGAGAGAAAGG GCACACAATGTGCACACGTTACATCACTATCAGTATTTTTGGTTTGAGAGAAAGGAGGACAGGAGGCTACGAGATTTGTTTGTGTTTGATTCTTGGGCGAACTCCTCTCTCTCAACCAACCATACTGATACTAATTGACGTTCGAAGTTTGTGCTT 3 1 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 100 -53.1 (((((.(((...(..((((((......(((((((((..((((((.((((((.(((((..((((((..((((((.....)))))).....))))))......))))).))))))))))))..))))))))).....))))))..)..)))))))).. (-53.10)