mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGCATCTGCACCTGCACCG GTGGAGGTGCTTATGCAGAAA AATTCTCCTCTTCATCGCTGTAATGCCATGTTCCTGCATCTGCACCTGCACCGCACTGCCTCACGAGAATGTGCACGAATGGATCAGAGCGGTGTTGTGCAAATCCTGCTTTCAGTCAATCACTGAGCTTGAGTTTTAGCAATTCTTATTTCCTCTGAACTTTCTTCTGGCATTATAGTGGTGGAGGTGCTTATGCAGAAATATTGCATTGCGGCTGAGAGCCACTAATG 4 0 5' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR1030j 6e-29 -81.4 .......((((.((..((((((((((.(((((.((((((..((((((.((((((..((((....(((((.((.((.((..(((...((((((..((.....))..))))))(((((.....)))))(((........)))..........))))))).)).)))))..)))).....)))))).))))))..)))))).))))).))))))))))))))))......... (-81.40)