mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAATGCTCTCTGGAGCTTCT AAGCTTCACAGAACATTGACT ACTGCGAAATTTCTGGATCATAAATTTGCTCAATGCTCTCTGGAGCTTCTGTGTTACCACGTTGGAGAGAGTGTTGATTTGGACTCCCTGATAGGGCTTAGGCATCTTTCAGCCCTTGCTTCGGGTTTTCGTCCTTATTGGCCTCCCTCATTGGGCCTCAGAAGCTTCACAGAACATTGACTTGATTTGTGACCCTGTGATGAGGAAG 2 0 5' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR1031b 8e-16 -77.1 .((.....(((...((.(((((((((...((((((.(((.(((((((((((.(...(((.....(((.(((.((..((..((((..(((((.((((((.((....))...))))))....))))).....))))..))..))))).)))..)))..).))))))))))).))).))))))...))))))))).))...))).....)) (-77.10)