mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACGGGTCGTGATGGGCACT TGTCCAGCACAACCTGTCAAC GACTAAGATAACATTCGGCAGGGGTGTTGGGAATGTCCAGCACAACCTGTCAACATTCCAGGTTATGTTGACGGGTCGTGATGGGCACTCTCAGCGTCCCATGCCCAAACTGCACATCA 3 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR1033a 5e-31 -57.5 ................(((((((..(((((((.((((((.(((.((((((((((((........)))))))))))).))).)))))).)))))))..))).)))).............. (-57.50)