mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGCTAAAAAGTCAATGGT TATTGATCTTTTAACACATGT AATTACTCCCTCCGTTTCGTTTTATTTGATACTATTGATCTTTTAACACATGTTTGACCGTTCATCTTATTCAAAAACTTTTGTAAAATATGTAAAACTATACGTATGCATAAAAGTATATTTAACAATGAATCAAATTATAAGAAAAAAATAAATAATTATTTAAATTTTTTTGAATAAAACAAACGGTTCAAACATGTGCTAAAAAGTCAATGGTTGTCAATTAAAACGAAACCGGAGGGAGGA CGACGTAGCATGCAAGTGCTCTACACCGGCCTAACTACATAGATAGAGAGCATGGCCGACACCTCCACTGTTCCGGTGGCCGCTCCATCCGGTGATCCTCCAGTTGCGTCACCGGTGGCTGTTCCATGCAGTGATCTTCCAGCTGCACCGGTCGTCGATCCTCCGGATGTTCCGTCTCCCAAATCTCCGGCAGCCGATCCAGTTGTGCTGATTGATCCGAGTAAGGAGGAGCGTATGAACTCTGACCACCCACTTCCTAAATGTACAAACAATGGAAACTGTGGATGAGGTACCGGTATGTACTGTGAAAACCGTCCTCCCTCCGTGGCTCCGTTACCAAAAGATTGTGGAGTCTCCAAGCTGCTAGCATGGTCCGTGCTAGCACAAGATACCCTCTTACTGCCTTATGTGTGTACCGTTGAATTAATTGTAATGTTGTTTCAGAATTCAGATAATTTCATACACTGTGATCAGCAAATAAACCCCGCCGGCATTAGGGGCCAGTTACTGGCTTACTGTAAGGAAGTGCAGAGGCTATATTAATTACTCCCTCCGTTTCGTTTTATTTGATACTATTGATCTTTTAACACATGTTTGACCGTTCATCTTATTCAAAAACTTTTGTAAAATATGTAAAACTATACGTATGCATAAAAGTATATTTAACAATGAATCAAATTATAAGAAAAAAATAAATAATTATTTAAATTTTTTTGAATAAAACAAACGGTTCAAACATGTGCTAAAAAGTCAATGGTTGTCAATTAAAACGAAACCGGAGGGAGGACCTTGAAAGTGCAAAGGAAAAAAAAGCTTTAGGGTTTTCAACCCCCAAAATCCCTGGGTTTGAAATTTTCTCAAACACGTTTTCCCCAAATTTTTTTTTTCTAAAACCTTTATTTTTTAAAAAACCAAAAATTTTCCAGGGGTTTTTCCCCCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTATATAATTATTTCTCAAAAAAAAAAAAGGGGGGTTTGGCCCCCAAAAAAAAAAAAACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 1e-49 osa-MIR806e 3e-25 -78.7 .....(((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((....((((((((((((((((((...(((((((......)))))))..))))))))..((((((..((((...........................))))))))))..))))))))))....))))).))))))))))).))))).)))))))).)))))).)))))))))).))))))))).. (-78.7)