mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTCTAGCATTATCA ACACATACTAGAAAGTCTTATA AGGAGATTACTACTTCCTCCGTATCATATTATAAGACTTTCTAGCATTATCACATATTCATATATATTTAATGAATCTAAACATATATGTGTCTATATTCATTAACATCTATATAAATATGGACACATACTAGAAAGTCTTATAATCTGAAACCGAGGTAGTAGAAAATAGA CGACGGTGCCGGTTCCCGACGCGTGGGGCGGCGACCAGGGTGGAGGTGAAACGGTGAGGTACCCCATCTTCCTCAGGATCGGCAAGGTGAGGCCCGAGTAATAGGAGATGAGCCCGCCAACGGGGAGAAATTAAGCTTGATAGACTTGGGCGAACGTGCTTTGTCTAGCACACCTTAGTGCATTACTCTGTTATCTTCAGAGGCGATCTGCACCTAGGAGATTACTACTTCCTCCGTATCATATTATAAGACTTTCTAGCATTATCACATATTCATATATATTTAATGAATCTAAACATATATGTGTCTATATTCATTAACATCTATATAAATATGGACACATACTAGAAAGTCTTATAATCTGAAACCGAGGTAGTAGAAAATAGATCGGCTTTGCCGCATAATGGACCACCCTCGATACTCCATATTTTCATATTGATCATCATTTAACACCAAATTAAATTTTTAAATTGATCATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 8e-25 osa-MIR819b 8e-37 -54.6 .........(((((.((((.((.(((.(((((((((((((((((.((..((.((((((.(((((.(((((((((((.((.((((....)))).)).))))))))).)).))))).))))))))...)).))))))))))))))))).))).)).)))).)))))........ (-54.6)