mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTTGAAGCATGATGTCAAG TGGTATCATGTTGCAAATGGC TCCTGTTTCTGGTTGATCTTGGTATCATGTTGCAAATGGCAAAACCTGTGACCGGAATGGTACTCAGTTTTTGAAATTTGAAGCATGATGTCAAGTACAACGGAAGTTGGA 4 0 3' arm Physcomitrella_patens mirbase 100 ppt-MIR1217 2e-58 -43.1 (((..((((((.(((..((((..((((((((.(((((..(((((.(((.((((.....))).).))).)))))..))))).))))))))..))))..)))))))))..))) (-43.10)