mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGACTTTNTAGCATTGTCT ATAATGCTAGAAAGTCTTATA TCCTACATGTTACTATATCCGTTTCAGGTTACAAGACTTTNTAGCATTGTCTACATTCATATAGATGTTAATGAATCCAGGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTAGATTCATTAACATATATATATAAATATGGATAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAATGGGAAGTATT ACGCGTGGGATCGTCAACAGACAACAGGGTATGTTTTGCCTTCACATTGGAAGATATTTTTTTGGTACGTTTTGGAGTTTTGGTGAAAACATAGAAGTAGTAAAATACTCCTACATGTTACTATATCCGTTTCAGGTTACAAGACTTTNTAGCATTGTCTACATTCATATAGATGTTAATGAATCCAGGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTAGATTCATTAACATATATATATAAATATGGATAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAATGGGAAGTATT 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 8e-16 osa-MIR819j 3e-21 -76.7 ..........((((...(((((((((.((((.((((((((.((((((((((((.(((.(((((.(((((((((((((....(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).)))))))))))))...))))).))).)))))))))))).)))))))).)))).))))))))).)))).. (-76.7)