mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTATAGCATTGTCC GTAATGCTAGAAAGTCTTATG ATTTCAGGCTATAAGACTTTATAGCATTGTCCACATTCATATAGATGCTAATGAATCTAGGCACATATATGTTTAGATTCATATGGGTAATGCTAGAAAGTCTTATGATATGAAA ATGCAGCCCCAGAGCCGGGGCGGCACGCCGGGGTGCAGCCCGCGGGGCAGCGGCGACTTCAGCCAGTGTCCGCTCGCCAGCTACAGCTACCGCGGCTTCGTGATGTCCTCCTCCGTCCAGGGCGAGGGGCGGTGCAGCAAGCCCACGGTGGAGGTCGGCGTCCCGCACGTCGGCTGCGCCGAGGACGCGGCCGCGTTCGTGGCGCTCGCCGCCGCGGTCGACCTCAGCATGGACGCGTGCAGGCTGTTCTCCCACAAGCTCAGGAAGGAGCTCTCCCACCTGCGCTCCGACGTGCTCAGGTGACCACCGCTCGCCGCCGGTGAGCTTCCCGCGGCTCACGAGCAAAATTGTACATAAGTAGTTGAGACTCTTTTGACACGAGATGTTCTTTAGTTGGTTCGTTGGTGTGTTAGTGTTAGTAGTGGTAGTTCAGTTTTGGTGATCAGTTAATTAGTTGATTGCGGTTTGAAGTAGCTTAGCTATTACTACCTCCATTTCAATTTCAGGCTATAAGACTTTATAGCATTGTCCACATTCATATAGATGCTAATGAATCTAGGCACATATATGTTTAGATTCATATGGGTAATGCTAGAAAGTCTTATGATATGAAATGGAGGAAGTATCTTTTGGTACATATCTGGTTGTGT 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-19 osa-MIR819e 3e-23 -39.5 .(((((...(((((((((((.((((((((((((((((......))))...(((((((((((((......))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))...))))) (-39.5)