mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTCTAGCATTATCA ATAATACTAGAAAGTTTTATA CCTCCGTATCATATTATAAGACTTTCTAGCATTATCAATATTCATATATATGTTAATGAATCTAAACATATATGTGTGTCTATATTCATTAACATCTATATAAATATGGATAATACTAGAAAGTTTTATAATCTGAAACGGAG CCTCCGTATCATATTATAAGACTTTCTAGCATTATCAATATTCATATATATGTTAATGAATCTAAACATATATGTGTGTCTATATTCATTAACATCTATATAAATATGGATAATACTAGAAAGTTTTATAATCTGAAACGGAGGTAGTAGAAAATAGATGCGGCTTTGCCGCATAATGGACCAGCCAGTACGAAATACTCCGTACGTTTCATATTGATCATCATTTAACACAAATTAAAATTTTTAAATTGATCATCATGTAATCATAGCCCTTCGTTCGACGTGTAATATTATTGCATTTAAGCATAAAAATTGAGTATGCATGCATGTATGTAGGAATTCAAGGTAGTAAAGCTATCGTTTCATAGAGCAAGTTTAATACCAGTATAACCAACTACTGACTCCAAATCATCTATAGTCAATTTAGTAGCCAATTCATATAATACTTACCTATAAACATTACTACACAATTCATACTTGGTCGCACCTGTCATACACACATGTATCTTGGAGTCTGGAGTCTGTGCTATAGCTGGCTACAAATTTGTAGCTCGCTGCTCTTCTCTATTCTCTTTTATCTCCTCGAAATGTGTTTATAACTGGACCTGCTATTATGTATGGGGCCTAAGAGG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-33 osa-MIR819b 8e-49 -59.9 .((((((.(((.(((((((((((((((((.((((((.(((((.(((((.((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))))))))))).))))).))))).)))))).))))))))))))))))).))).)))))) (-59.9)